O tema central da III CNIJMA são as mudanças ambientais globais, tendo como subtemas:
- Terra (Biosfera / Biodiversidade / Desflorestamento);
- Água (Hidrosfera / Recursos hídricos / Desertificação);
- Fogo (Sociosfera / Energia e Mobilidade / Matriz energética e transportes);
- Ar (Atmosfera / Ar e clima / Mudanças Climáticas).
